西暦2039年9月、ニューヨークで発生したコンピュータウイルス「XINN」により、コンピュータネットワークにつながれた全世界の端末がウイルスに支配された。一方、事件後の東京では、国家運営の謀報局「帝室国家安全調査室特務課謀報局」（帝諜）が、暗殺に長ける帝諜13課に実業家「マシー・スペクター」の暗殺を依頼。同課に所属する諜報員「御子神薫」がマシーの暗殺に成功するが、後日、帝諜が再びマシーの暗殺を依頼。薫は、XINNとマシーに関係する事件を通じ、その真実に迫っていく。
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